- La Asociación Salesiana de Don Bosco firmó un Convenio de cooperación académica con la Universidad Francisco Marroquín en 1971. A partir de 1972 los Salesianos de Don Bosco desarrollaron programas humanísticos amparados por la Universidad Francisco Marroquín. Se crearon carreras, departamentos y facultades. Cabe destacar entre esos programas: los Profesorados en Pedagogía y Ciencias de la Educación, Profesorado en Teología, Profesorado en Inglés y Profesorado en Historia. La Facultad de Ciencias de la Comunicación tuvo gran desarrollo y se establecieron las especialidades de: Técnico y Licenciatura en Ciencias de la Comunicación Social, Licenciatura en Publicidad y Licenciatura en Producción radial y televisiva. Ahí tuvo sus inicios la Universidad Mesoamericana.
- El año 2004 lo consideramos como un período de consolidación del proceso llevado a cabo a nivel estructural, de personal y de mejora de la calidad académica.
- Aprovechando la experiencia y desarrollo universitarios que se habían logrado, se iniciaron los trámites de fundación de una nueva universidad en 1996. El 1ro. de octubre de 1999 fue aprobada la Universidad Mesoamericana por el Consejo de la Enseñanza Privada Superior de Guatemala. El año 2000 comenzaba a funcionar la nueva universidad con las Facultades de Ciencias Humanas y Sociales y Ciencias de la Comunicación Social. Un año más tarde, en alianza estratégica con la Asociación de Gerentes de Guatemala, se crea la ESAG, Escuela Superior de Alta Gerencia, para impartir Maestrías. El año 2002 se fusionaron 15 carreras de la ciudad de Quetzaltenango como parte de la Universidad Mesoamericana. El año 2003 se autoriza la Facultad de Medicina en dicha sede.